Yahoo!リスティング広告スポンサードサーチ、Ver3の管理画面では「配信先の除外」は出来ないようですが、「広告掲載方式の指定」というものができるようです。

※説明には下記のとおり書かれています。

「検索を含むすべての広告掲載方式」を選択した場合は、検索サイトの検索結果、「一覧」リンクやキーワードからの誘導先ページ、および特定カテゴリーページ等に広告が表示されます。
「検索のみ」を選択した場合、検索サイトの検索結果にのみ広告が表示されます。

これは明確に確認したわけではないので、サポート窓口に聞いて確認しようとは思いますが、文字通りに受け取ると、
例えば下記サイトですと、
http://rocketnews24.com/2011/11/06/148965/
ページ右側に「オススメワード　[PR]」とありますが、
ここをクリックするとスポンサードサーチが表示されます。
検索連動じゃないじゃん！と突っ込みたくなる掲載方式ですが、多分、こういったところに表示されなくなる、ということなのでしょう。

この設定は、
キャンペーン管理画面＞（任意のキャンペーンを選択）＞キャンペーン設定情報＞その他の設定
で設定できます。

AdWordsで言うところの、キャンペーンの「設定」タブですね。

 
 
—下記追記

11/7 10:30くらい　サポートに確認しました

おおよそ上記の認識で正しかったようです。
でも１つ意外なこともわかったので、一応具体例を記しますと、
「検索のみ」を選択した場合

• Yahoo!検索の検索結果に出る
• ニフティの検索結果に出る
• エキサイトの検索結果に出る
• 検索じゃない、単なるテキストリンクをクリックした先には出ない
• Yahoo!カテゴリには出ない

意外だったのが最後、ヤフカテにも出ないそうです。
ここは検索連動じゃなかったのか…、いや検索じゃないのか…、ややこしいですね。

ともあれ、サポート窓口の担当の方曰く「まだ実際に掲載が始まっていないので、実際にどのように作用するか、検証できていません。」とのこと。
そりゃそうですよね。まだ掲載していないわけですから、実際にどうなるか、10日以降に確認していきたいと思います。